Родился в 1924 году в Кафанском районе Армении.
В рядах РККА с сентября 1942 года, сразу попал на фронт. Участвовал в боях на Северо-Кавказском, 1-м Украинском, 1-м Белорусском фронтах. За время боев был трижды ранен (первое ранение в январе 1943 года на Северном Кавказе).
Пройдя большой и трудный боевой путь простого рядового солдата, к концу войны Мустафа Шыхалиев был уже опытным солдатом, сапером 1-й инженероной роты 14-го отдельного гвардейского мотоинженерного батальона 17-й мотоинженерной бригады, участвовал в боях за освобождение Польши.